به گزارش مشرق، آیت الله حاج سید جواد خامنه ای فرزند سید حسین خامنه ای، در سال 1313 قمری در خامنه متولد شد و بعد از سال ها زندگی در آن جا و سپری کردن دوران تحصیلات در نجف و قم به مشهد مقدس کوچ کرد و در جوار بارگار اما رضا (ع) اقامت گزید. وی در این زمان مدرس حوزه ی مشهد و امام جماعت مسجد صدیقی ها واقع در بازار بزرگ مشهد بود. ایشان سرانجام در تیرماه سال 1365 به دیار باقی شتافت. 

در زندگی نامه آیت‌الله خامنه‌ای آمده است: "زندگى مرحوم سيد جواد خامنه‌اى هم مانند بيشتر روحانيون و مدرسان علوم دينى، بسيار ساده: «پدرم روحانى معروفى بود، اما خيلى پارسا و گوشه‌گير [...] زندگى ما به‌سختى مى‌گذشت. من يادم هست شب‌هايى اتفاق مى‌افتاد كه در منزل ما شام نبود. مادرم با زحمت براى ما شام تهيه مى‌كرد. [...] آن شام هم نان و كشمش بود.»" 

در ادامه خاطرات رهبر انقلاب آمده است که زمانی ایشان در سال 1343 در قم مشغول تحصیل بودند، از مكاتباتى كه با پدر داشتند متوجّه شدند كه يك چشم پدر به علت «آب مرواريد» نابينا شده است.  آیت الله خامنه‌ای پس از آگاهی از این خبر تحصیل در قم را رها کرده برای مراقبت از پدر به مشهد باز می گردند.